El objetivo de la investigación es el estudio de las distintas propuestas metodológicas que pueden utilizarse para incorporar el efecto de los factores exógenos sobre los resultados de un análisis de eficiencia mediante DEA. Con este fin, se analizan los resultados obtenidos en una aplicación empírica en el ámbito de la enseñanza secundaria, donde estas variables, representadas por las características de los alumnos, juegan un papel fundamental. Los resultados obtenidos al aplicar a los datos las diferentes técnicas estudiadas, algunas de las cuales estaban inéditas hasta el momento en el contexto educativo, permiten apreciar que el uso de una u otra alternativa condiciona en gran medida los resultados, lo que convierte a la selección del modelo empleado para medir la eficiencia en presencia de factores exógenos en una decisión fundamental en este contexto.