El objetivo de este estudio fue encontrar diferencias a nivel de calidad de agua entre dos lagunas de origen meándrico y estudiar aspectos de la ecología de peces (diversidad, similaridad, especies indicadoras y variación estacional) determinando las variaciones de distribución espacial de las especies de mayor tamaño en dos lagunas fluviales: Cashu y Totora, dentro de la Estación Biológica Cocha Cashu, Parque Nacional Manu, Departamento de Madre de Dios. Se registraron 36 especies de peces para Cashu y 36 para Totora, encontrándose diferencias significativas entre Cashu y Totora a nivel de calidad del agua. Asimismo se encontró una composición de especies distinta para cada época y laguna. La época (vaciante o creciente) influenció en la estructura de las comunidades de peces. El principal agente regulador de estos cambios es el río Manu, relacionado a los procesos de migración de peces. Cada laguna presenta hábitats con una comunidad de peces característica. Los curimatidos junto con Prochilodus nigricans habitan las zonas profundas y someras cerca de vegetación donde el detritus es más fino.