El propósito de este trabajo es brindar una guía práctica y útil enfocada al análisis de proteómica cuantitativa, tanto libre de marcaje como con determinados marcajes, para los estudiantes de trabajos de fin de grado, de fin de máster y de doctorado en áreas de ciencias como los desarrollados en Departamentos de Bioquímica y Biología Molecular. En estas páginas se describirá, en detalle, los diferentes pasos a seguir para realizar un análisis fiable de las muestras haciendo uso de los programas libres X!Tandem (en la plataforma TPP: Trans Proteomic Pepiline), Skyline y MSstats (junto con otra alternativa, Perseus), sin necesidad de tener que aprender código. Gracias al desarrollo de los pasos aquí mostrados se podrá pasar desde los archivos crudos (.raw, en equipos de ThermoScientific) obtenidos en el espectrómetro de masas a las tablas finales filtradas por fold change y valor de p, así como se da unas pinceladas de análisis posteriores, pero necesarios, a la obtención de estos datos.