La agricultura orgánica es un sistema que trata de utilizar al máximo los recursos de la unidad de producción, haciendo énfasis en la fertilidad del suelo y la actividad biológica, así mismo se minimiza el uso de los patrimonios no renovables, por lo tanto se restringen los fertilizantes y plaguicidas sintéticos para proteger el medio ambiente y la salud humana. Dentro de este orden de ideas, es conocido que la incidencia de patógenos en las plantas pueden causar disminución de los rendimientos, especialmente en los cultivos de ciclos cortos, como es el caso de las hortalizas, donde el uso de agroquímicos para el control de enfermedades es, en la mayoría de los casos, indiscriminado, lo que trae como consecuencia contaminación ambiental y desequilibrios ecológicos. Cuando se aplican agroquímicos de diferentes índole, estos productos constituyen una presión selectiva favorable para hongos de géneros tales como Rhizoctonia, Pythium, Fusarium, Sclerotium rolfsii, entre otros, causando al mismo tiempo una reducción en distintos sectores de la microflora. Igualmente, algunos de estos productos pueden afectar las poblaciones reconocidos de antagonistas.