La investigación sobre las formas que adoptan el dominio sobre la mano de obra indígena y el aprovechamiento de la tierra ante la caída demográfica producto de las grandes epidemias denominadas cocoliztli de 1545 -1548 y de 1576 - 1578, es un tema de gran interés para la historia económica y política novohispana del siglo XVI. Esta investigación intenta relacionar la primera de estas dos epidemias, probablemente un tipo de fiebre hemorrágica, con algunos cambios institucionales que fueron trascendentales para la vida económica y política de la Nueva España. Las consecuencias demográficas y económicas de esta epidemia se pueden sintetizar en la política de la Corona de acotar el poder encomendero y de brindar protección a las comunidades indígenas, manifiesta en la política de retasación, la eliminación de los servicios personales, la congregación de pueblos, en la introducción del cabildo y en la creación de cajas de comunidad, que dio por resultado la consolidación de las dos repúblicas, de indios y españoles, al final del gobierno de Antonio de Mendoza y el inicio del mandato del virrey Luís de Velasco.