La historia precolombina del la región de los Andes Orientales en Colombia se ha dividido tradicionalmente en tres periodos principales: i) un poblamiento temprano por parte de grupos cazadores-recolectores, ii) un periodo intermedio (Formativo o Herrera) con pueblos que desarrollaron una agricultura incipiente y iii) un periodo de pueblos agroalfareros de filiación lingüística Chibcha, quienes habitaban la región a la llegada de los españoles. La continuidad poblacional y cultural entre los periodos es un tema de gran controversia, en especial cuando se trata de la transición entre los Herrera y las sociedades Chibchas más recientes. El presente estudio analiza, a nivel de DNA mitocondrial, una muestra de 11 invidiudos del periodo Herrera, hallados el municipio de Madrid (Cundinamarca), en un yacimiento arqueológico denominado Madrid 2-41. Con los resultados de este análisis y, en conjunto con los datos de los demás estudios en mtDNA de los Andes Orientales colombianos, se construye un modelo de los posibles eventos históricos que marcaron el poblamiento de esta región.