El auto-ensamblaje puede catalogarse como un proceso “convergente”, ya que un número definido de partes se acoplan con el fin de obtener una determinada estructura. Es por esto que se pueden identificar dos características importantes. Primero, un auto-ensamblaje eficiente ocurre cuando hay un reconocimiento firme de todos los componentes tanto geométrica como espacialmente. Segundo, luego del proceso de ensamblaje todos los sitios posibles de unión tanto en el hospedero como en el huésped, deben quedar “ocupados o ensamblados” con el fin de evitar la formación de otro tipo de estructuras diferentes a la que se prediseñó en un inicio. Estos procesos han sido cruciales durante el desarrollo de organismos vivos y su evolución. Tan sólo que ahora, el hombre puede tener acceso a ellos de una manera muy controlada e intenta crear nuevas entidades moleculares con diversas aplicaciones. Por citar algunos ejemplos vistos en la naturaleza, tenemos: el plegamiento natural de las proteínas para adquirir una función biológica, el ensamblaje de los virus durante su reproducción al interior del organismo infectado y la formación de micelas en diversos disolventes a partir de tensoactivos.