Introducción: La obesidad es una enfermedad multifactorial que cada vez tiene mayor prevalencia a nivel mundial. Esta enfermedad altera la homeostasis del ser humano, afectando el funcionamiento de distintos sistemas, entre los que se encuentra la microbiota humana. En los últimos años, la microbiota se ha convertido en uno de los órganos más estudiados debido a su importante relación metabólica y su papel fundamental en el eje intestino-pulmón, entre otras implicaciones.Objetivo: Profundizar los conocimientos de la literatura médica sobre los principales aspectos de la microbiota intestinal y su relación con la patogénesis de la obesidad e infecciones respiratorias.Conclusiones: Existe relación entre la obesidad y las características del microbiota intestinal, que solamente a través del control de los factores que influyen sobre el mismo podemos reducir la prevalencia de la obesidad. Así como, la influencia bidireccional entre el pulmón–intestino que logrando un buen funcionamiento puede contribuir de forma importante a la superación de la infección en ambos órganos.