Evaluar poblaciones de microorganismos en suelos de cacao tratados con herbicidas determina el impacto ambiental y efecto en producción. La investigación se hizo en Santo Domingo Ecuador, 00º24`36``S 79º18`43``W 296 msnm. Temp. 25 ºC, HR 84%, velocidad del viento 1 m/s. Se evaluó poblaciones de Trichoderma spp. Paecylomices l. y Monilliopthera roreri en una plantación comercial sometida a tres métodos de control de malezas, se identificó y cuantifico las poblaciones antes y después de aplicar los tratamientos, determine el método de menor impacto sobre la vida del suelo. Investigaciones demuestran que usar herbicidas afecta la vida y actividades enzimáticas del suelo, relacionándose directamente con su fertilidad. Los tratamientos fueron T1 glifosato 1.5 L/ha, T2 paraquat 1.5 L/ ha T3 control mecánico. La fase de laboratorio lo hizo el INIAP, el área de ensayo fue 2.304 m2. Los resultados presentaron poblaciones de Trichoderma, Fusarium, Penicillium, Aspergillus, Rhizopus, no hubo Monilliopthera y Paecilomyces. T2 y T3 tuvo la mayor población de Trichoderma. T1 la mayor población de Fusarium, T2 la mayor producción de almendras.