El presente trabajo de investigación tiene como objetivo desarrollar una estrategia didáctica para la enseñanza de la Biología Computacional, mediando el modelado basado en agentes, con el objetivo de fortalecer las habilidades científicas de los estudiantes del sexto grado de la Institución Educativa INEM “Julián Motta Salas” del municipio de Neiva, Huila el cual implementa cuatro (4) etapas: identificación de habilidades científicas y conocimientos previos; seguido del diseño y desarrollo de la estrategia didáctica; posteriormente, el proceso de implementación de la estrategia didáctica, en el cual se tuvo en cuenta el uso de las herramientas computacionales como NetLogo y Scratch, asimismo, en la cuarta etapa, analizaron los resultados obtenidos mediante aprendizaje automático mediante un sistema experto de minería de datos con el software libre WEKA, optimizando el desempeño de las ciencias naturales y contribuyendo al desarrollo de habilidades científicas, como: creatividad, resolución de problemas, pensamiento crítico, y trabajo en equipo.