El sistema pericial y su valoración como prueba, suele verse limitado en los procesos penales por delitos de violación sexual debido a la falta de mecanismos y procedimientos como diseños institucionales que permitan extraer de la prueba pericial lo que el juez necesita, así como también la formulación de reglas o estándares de prueba para lograr el esclarecimiento de los hechos. Por ello, la presente investigación tendrá como propósito determinar las deficiencias de la prueba pericial que inciden en su valoración dentro del delito de violación en Ecuador. El objeto de la valoración de la prueba pericial por parte del juez será determinar tanto si existen elementos probatorios de cargo o incriminatorio y, luego, si tal prueba existente es suficiente o no para condenar, teniendo que formarse su convicción libremente, sin vincular a lo que declaren los peritos y sin dejar de lado la fuerza de convencimiento que tienen los informes periciales, especialmente los de carácter estrictamente científico técnico.