Los peces se colectaron bimensualmente con un chinchorro playero durante dos períodos anuales (2004-2005 y 2007-2008) en 23 sitios distribuidos a lo largo del sistema, dividido en cuatro zonas (marina, canal, Coloradas oeste y Coloradas este). Se registraron los parámetros hidrológicos (temperatura, salinidad, oxígeno disuelto y profundidad). Se obtuvieron un total de 2028 ejemplares, de los cuales 382 se utilizaron para el análisis trófico. La relación de la abundancia con las variables hidrológicas, se encontró que la salinidad fue la variable que afectó la abundancia espacial y temporalmente. Se registraron 71 recursos alimenticios incluidos en 20 grupos tróficos. La preferencia alimentaria estuvo dominada por bivalvos, gasterópodos y macrófitas. La regla de Sturges generó 10 grupos de talla, donde los bivalvos estuvieron presentes en todas ellas, isópodos y MONI en la más pequeña y los gasterópodos en todas las tallas. El análisis de correspondencia canónica determinó que la variación trófica espacial, es generada por la abundancia de las presas preferenciales, mientras que las diferencias temporales por las presas secundarias.