Los hongos endófitos habitan dentro de la planta sin causarle daño alguno. La relación que tiene la planta con el hongo es de suma importancia, ya que el hongo es capaz de producir compuestos bioactivos que le confieren protección a su hospedera frente al ataque de patógenos e insectos de plagas, además les concede tolerancia frente a las sequías, incrementa la biomasa de la planta, entre otros beneficios. De igual manera se le atribuye la capacidad que tienen de secretar metabolitos secundarios como son terpenos, alcaloides y compuestos aromáticos que son utilizados como antimicrobianos, antivirales e insecticidas. En los últimos años, para el control de plagas, se ha implementado el uso de microorganismos como bacterias, hongos y virus en función del control biológico debido a su efectividad y su menor daño al medio ambiente, reduciéndose así el uso de productos químicos (insecticidas). En el control de insectos de plagas se utilizan los hongos endófitos, gracias a que estos son capaces de causarle enfermedad al insecto y causar posteriormente su muerte, gracias a las esporas que secretan.