En la sociedad del conocimiento ha cobrado especial relevancia la medición y gestión del capital intelectual como alternativa para potenciar los resultados, esto se ha extendido también al ámbito universitario, buscando herramientas que midan y gestionen este capital, el cual es un factor elemental en el éxito de la empresas e instituciones. Los modelos de capital intelectual ofrecen herramientas para la medición de los intangibles, donde las variables e indicadores son similares, pero cada modelo enfatiza determinadas características de las organizaciones de acuerdo con lo que se pretende obtener. Las actividades de investigación de las universidades contribuyen de manera decisiva en la producción científica, y es necesario diseñar instrumentos de gestión que mejoren su aporte a la sociedad. Con este trabajo se propone un modelo para gestionar y evaluar el capital intelectual en la investigación universitaria basado en el modelo Intellectus y en el método Logic Scoring of Preference. El objetivo es proveer a la universidad de un medio que le permita estudiar y gestionar los intangibles que se producen en el proceso de investigación para ayudar a la toma de decisiones.