El presente trabajo contempla el estudio y el análisis de la taxocenosis de diatomeas del fitoplancton de ríos y arroyos de la cuenca superior del Río Cuarto, Córdoba, Argentina. Se recolectaron muestras cualitativas de agua estacionalmente durante un año en tres zonas de muestreo: arroyo El Chacay y río Las Albahacas, antes y después del balneario. Se registraron simultáneamente parámetros fisicoquímicos e hidráulicos. Se determinaron un total de 105 taxa, entre especies, variedades y formas. Del total de taxa once fueron citas nuevas para Córdoba y cuatro para Argentina. El sitio de muestreo que mayor número de taxa registró fue el río Las Albahacas, antes del balneario, con 87 especies. Del total de especies, 77 fueron comunes a los tres sitios de muestreo, registrándose especies locales. Se observó además que el mayor número de especies corresponde a los menores valores de frecuencia. Considerando la composición específica y los datos fisicoquímicos, se observa la formación de dos grupos, uno de ellos incluye los tres sitios analizados en la estación de primavera.