En años recientes una corriente de los estudios sobre sistemas de innovación se ha enfocado en la evaluación de la eficiencia de dichos sistemas. Uno de los métodos estadísticos empleados en este tipo de evaluaciones es el análisis envolvente de datos (DEA), el cual tiene la capacidad para medir la eficiencia relativa a partir de múltiples factores considerados insumos y productos de los sistemas. El principal propósito de este estudio es proponer una metodología para medir y comparar el desempeño de los sistemas regionales de innovación mexicanos a partir del empleo del DEA. La literatura existente en este tema exhibe un limitado número de esfuerzos que busquen evaluar la productividad de los sistemas de innovación a nivel regional. En este estudio se lleva a cabo un ejercicio de caracterización de las entidades federativas mexicanas en cuanto a su nivel de desarrollo como sistemas regionales de innovación; además de análizar su eficiencia productiva. Por otra parte, este trabajo propone un nuevo ranking de los estados mexicanos en términos de sus condiciones y capacidades para producir innovación, así como la identificación de factores determinantes de su eficiencia.