En las regiones montañosas del noroeste argentino, en especial en la puna y prepuna existen condiciones geológicas muy peculiares que se reflejan en la geoquímica de las cuencas hídricas que por ellas transcurren, y afectan la calidad de las aguas superficiales, produciendo contaminación iónica con metales pesados y sustancias tóxicas inorgánicas. La rigurosidad climática determinada por un extenso estiaje y la demanda del recurso hídrico, condicionan diferentes escenarios que inciden sobre las comunidades bióticas acuáticas, y en particular sobre el fitoplancton. La estructura y variación temporo-espacial en la composición y diversidad específicas de los ensambles algales responden a las fluctuaciones ambientales. Los eventos hidrometerológicos, en particular los episodios de torrencialidad, transportan elevadas cargas de nutrientes transportadas por los cursos lóticos hacia los embalses, acelerando los procesos de eutrofización y ocasionado periódicas floraciones algales. Por ejemplo, el río Guachipas de la subcuenca de los valles Calchaquíes, tiene una tasa de exportación de sedimentos que permite caracterizarlo a nivel mundial como uno de los escasos ríos de elevada descarga.