Los lagos someros son ecosistemas acuáticos de gran diversidad biológica, que se encuentran en estrecha relación con las actividades humanas. El aumento de los nutrientes en el lago, consecuencia de las actividades humanas en la cuenca es denominado eutrofización antrópica. La eutrofización se refleja en cambios de la comunidad fitoplanctónica, como el desarrollo de floraciones tóxicas frecuentemente asociadas al grupo de las cianobacterias, afectando negativamente la calidad de agua para múltiples usos y servicios ecosistémicos. El estudio del fitoplancton y las características ambientales que determinan su composición y abundancia es de fundamental importancia para el conocimiento y manejo de lagos someros. En el presente trabajo se analizan los patrones de composición y abundancia de fitoplancton así como las principales variables ambientales asociadas en cinco lagos someros de Uruguay en un gradiente de estado trófico. Los lagos someros de Uruguay, son frecuentemente utilizados como fuente de agua potable, encontrándose en riesgo de deterioro ambiental debido al incremento en las demandas de agua y desarrollo urbanístico-industrial.