En este trabajo se analizó la variación morfológica del género Puma tanto en las estructuras esqueléticas como externas, con el fin de explorar posibles agrupaciones geográficas y contribuir al conocimiento del género en el país. La muestra incluye especímenes de distintos museos nacionales; de cada ejemplar se analizaron 32 medidas craneales, mandibulares y dentales; comparaciones de estructuras del post-cráneo y mediciones en el pelo. Los resultados muestran que existen diferencias en 28 caracteres discretos postcraneales entre las dos especies, así como diferencias en la margen posterior del palatal, tonalidades del pelaje y formas de cráneo a nivel intraespecífico. Las diferencias en el margen posterior del palatal aparentan tener una asociación geográfica que debe ser analizada con más detalle con la revisión de nuevos especímenes de otros países; tanto Puma concolor como P. yagouraundi presentan gran variación en longitud mayor del cráneo, longitud basilar y ancho zigomático. Igualmente, se desarrolló una descripción preliminar de la ontogenia en P. yagouaroundi en las que se encontraron cambios asociados al desarrollo de la especie en estructuras craneana y del pelaje.