Esta investigación evaluó cianobacterias y microcistinas presentes en el antiguo delta del Río Sinú, durante diciembre de 2008 y mayo de 2010 se analizaron muestras de agua para detectar la presencia de toxinas intracelulares y extracelulares a partir de inmunoensayos enzimáticos competitivos (Elisa) y se determinó composición y abundancia de cianobacterias e identificó organismos potencialmente productores de estas cianotoxinas identificando y cuantificando cianobacterias por microscopía utilizando la metodología Utermöhl y claves taxonómicas especializadas, en total se encontraron ocho familias y catorce géneros, mostrando a Cf. Planktolyngbya limnetica como las más dominante en estructura y composición. Existen diferencias en la composición y abundancia de cianophytas presentes en el delta posiblemente por variables ambientales, resaltando los gradientes de salinidad. Se obtuvo tres aislados arsénicos de cianobacterias, de los cuales, Microcistis Sp y Cf. Planktolyngbya limnetica presentan toxicidad a microcistinas en cuanto que Anabaena Sp1 resulto no ser productora de estas cianotoxinas.