Mycobacterium avium subespecie paratuberculosis es el agente etiológico de la paratuberculosis o la enfermedad de Johne, infección crónica que afecta principalmente al aparato digestivo de rumiantes domésticos, y se ha descrito como posible agente contribuyente a la enfermedad de Crohn en personas. M. a. paratuberculosis presenta un crecimiento lento (de hasta meses) en los medios de cultivo y se ha dividido en tres tipos de cepas en función de diversas técnicas moleculares (electroforesis en campo pulsado y análisis de los polimorfismos de los fragmentos de restricción). Estas técnicas son aplicables únicamente en aquellos aislados con crecimiento abundante. Por ello, la necesidad del desarrollo de nuevas técnicas moleculares rápidas, menos laboriosas y costosas, capaces de discriminar entre los tres tipos de cepas de M. a. paratuberculosis impulsó la presente línea de trabajo.