A pesar de que los sistemas de planeación de tratamiento actuales tienen la capacidad de aplicar optimización biológica, sus funciones de costo no siempre son completamente comprendidas por los usuarios, limitando la implementación adecuada de dicha optimización. En este trabajo, se buscó obtener un mayor entendimiento de cómo la optimización biológica es llevada a cabo en Monaco 5.1, aplicarla con el fin de obtener el mejor plan posible y comparar estos resultados con aquellos obtenidos con optimización física para casos de próstata y cabeza y cuello en VMAT. En ambos casos, se obtuvo planes de tratamiento de alta calidad empleando la optimización biológica, en combinación con algunas funciones de costo físicas, que se encontraron necesarias para darle forma al DVH y limitar los puntos de alta dosis en los blancos y en los OAR. Se encontró que el uso de funciones de costo biológicas facilita el moldeado de la curva de DVH, evitando el uso de múltiples funciones físicas para obtener el mismo resultado. En contraste con la optimización física, la optimización biológica proveyó mejor preservación de los OAR, sin sacrificar la conformidad y la homogeneidad de los planes.