El diagnóstico rápido de las infecciones fúngicas por hongos filamentosos es fundamental para reducir la mortalidad , las complicaciones y dirigir de manera oportuna la terapia antifúngica. La espectrometría de masas conocida como MALDI-TOF, está emergiendo como un método de identificación en microbiología clínica. Sin embargo, la detección de hongos filamentosos por esta técnica aún está en desarrollo y sigue siendo un reto debido a la falta de un protocolo universal de extracción de proteínas. Por tal razón este proyecto tuvo como objetivo estandarizar el protocolo de extracción de proteínas para la identificación de hongos filamentosos patógenos para humanos relacionados con los filos Ascomycota y Mucoromycota por la tecnología MALDI-TOF / MS de Biotyper® - Bruker. Se emplearon dos protocolos para la extracción de proteínas que parten de una primera fase recomendada por el fabricante que inicia por la formación de biomasas en medio líquido Sabouraud. El primer protocolo se llevó a cabo mediante el uso de ácido fórmico al 80% y acetonitrilo al 100% y en el segundo se utilizaron perlas de vidrio, ácido fórmico al 80%, acetonitrilo al 100% y congelación.