Se realizó la determinación de timol y carvacrol por cromotografía líquida HPLC-FLD, en muestras de aceites esenciales de seis ecotipos de orégano (Origanum Vulgare. ssp), los cuales proceden de diferentes altitudes del valle de Urubamba-Perú. Para lo cual se desarrolló un método adecuado para la determinación de timol y carvacrol, que consistió de un sistema HPLC con detector de Fluorescencia, fase móvil isocrática de acetonitrilo y agua (ACN):H2O (50:50), columna Purospher STAR rp-18e (4,6 x 150 mm, 5 ìm), flujo de 1 mL/min, volumen de inyección de 20 ìL y un tiempo de corrida de 15 minutos. El método ha presentado una linealidad mayor a 0,999, precisión ≤ 2,27 y 2,4 intra día, y ≤ 2,47 y 1,94 inter diario para el carvacrol y timol (starndar), respectivamente. Con el protocolo se determino la concentración de timol y carvacrol del aceite esencial (AE) de los ecotipos de orégano; El ecotipo que tuvo mayor contenido de timol y carvacrol (18,4% y 2.04%) fue el Italiano, producido a una altitud 3386 m.s. n.m. La altitud donde se obtuvo el mayor rendimiento de AE fue 3386 m.s.n.m y 3638 m.s.n.m con 2.8 % y el ecotipo que se adaptó y tuvo mas AE fue Oreja de elefante.