Si bien la operación del Modelo Educativo Flexible Aceleración del Aprendizaje tiene un trasfondo educativo, éste no puede entenderse por fuera del universo institucional. El contexto, la organización escolar, la gestión institucional que ordena la escuela son también aspectos cruciales en su operación. Santos Guerra (2000. p. 88) argumenta que “al pedagogo le interesa la dimensión educativa de la organización escolar, pero esta dimensión no puede alcanzarse sin tener en cuenta la comprensión del fenómeno organizativo”. En este sentido, se observarán las características de la gestión institucional en el marco del Modelo Educativo Flexible Aceleración del Aprendizaje como unidad de análisis, para identificar fortalezas y debilidades en su implementación y proponer acciones de mejoramiento dirigidas a los diferentes actores.