La implementación de un Sistema de Control Interno en las organizaciones públicas se ha convertido en un tema de vital importancia, dado que la sociedad merece se le otorguen adecuados servicios públicos en base a un manejo más eficiente de los recursos públicos. Al respecto, el control interno corresponde a una serie de acciones que están relacionadas con las actividades de la entidad. Estas acciones son inherentes a la manera en la que la gerencia administra la organización; por lo que el control interno no debe ser visto tan solo como una obligación, pues este es más efectivo cuando se lo construye dentro de la estructura organizativa de la entidad y es parte integral de la esencia de la organización. El presente trabajo de investigación pretende ser un aporte para fortalecer la implementación del Sistema de Control Interno y de la Gestión por Resultados en la SUNAFIL, proponiendo un lineamiento conciliador para armonizar dichas implementaciones. Se ha enfocado el problema de nuestro estudio de investigación a los factores que limitan la aplicación de la “Guía para la Implementación del Sistema de Control Interno de las Entidades del Estado” en la SUNAFIL.