La presente investigación correspondió a un estudio observacional de tipo descriptivo y retrospectivo. El tamaño muestral estuvo conformado por 7382 muestras de hisopado nasal que llegaron al laboratorio de Virología del INHMT durante el período de mayo a diciembre del año 2009, de las cuales 2411 resultaron positivas para el Virus de Influenza A; éstas fueron analizadas para los subtipos circulantes del virus mediante la técnica de qRT-PCR y se obtuvo la identificación de los subtipos A H1N1 pdm (89,29 %), casos de Influenza A no subtipificables (8,08 %), H3 (2,28 %) y H1 estacional (0,33 %). El grupo etario más afectado por el subtipo pandémico fue de 11 a 19 años; el mayor número de casos del subtipo H1 estacional fue detectado en pacientes de 11 a 29 años; los casos de Influenza A no subtipificables y los H3 se encontraron mayormente, entre niños hasta los 5 años de edad. La distribución de los subtipos identificados en el estudio no reveló una diferencia significativa en relación al sexo; la mayoría de las muestras positivas para el subtipo A H1N1 pdm provinieron de la provincia de Pichincha, y el resto de subtipos, principalmente, de la provincia del Guayas.