En el presente trabajo se compara la cantidad y toxicidad de los residuos de disolventes orgánicos generados por las técnicas de electroforesis capilar en medio no acuoso y de cromatografía líquida de alta resolución en fase inversa en el análisis de un grupo de polifenoles en una muestra de aceite de oliva virgen extra, con el fin de proponer un método de electroforesis capilar que cumpla con los principios de la Química Analítica Verde. De forma específica se han llevado a cabo la optimización de las condiciones de separación y detección de estos compuestos por ambas técnicas separativas, el establecimiento de las rectas de calibrado y de los parámetros analíticos de calidad de los métodos, ensayos de recuperación teniendo en cuenta que el gasto de disolventes tóxicos y la generación de residuos sea el mínimo posible, validación de los resultados obtenidos y estudios de toxicidad de los disolventes empleados y contabilización de los residuos generados.