El estudio de los peces considerando las características biológicas de las diferentes especies, en un marco que permita hacer referencia a los requerimientos de hábitat y tolerancia a los niveles de los parámetros que definen la calidad del agua, permite comprender aspectos importantes acerca del funcionamiento del ecosistema. Patrones espaciales y temporales de seis poblaciones de peces fueron analizados en La Carbonera, una laguna costera de origen cárstica en la costa noroeste de la península de Yucatán, México. Se analizó las relaciones entre variaciones físico-químicas por espacio y por temporada climática (Secas,Lluvias y Nortes) en relación a la abundancia y distribución de peces mediante varias técnicas multidimensionales a través de los programas CANOCO 4.5 y PRIMER 6. Diferencias significativas entre las variaciones ambientales de las diferentes temporadas climáticas influenciaron en la dinámica espacial y temporal de las especies analizadas. Los alcances de esta información, aunada a la medición de valores de riqueza y diversidad de especies van en la dirección de establecer las regulaciones para el uso de los recursos costeros de Yucatán.