El ADN mitocondrial es uno de los marcadores moleculares más utilizados, ya que permite realizar análisis genéticos de filogenia, filogeografía y estructura poblacional debido a sus características únicas de herencia materna y tasa mutacional. En este estudio se extrajo, amplificó y secuenció el ADN mitocondrial de la tortuga carey anidante del Caribe colombiano. Se establece las características propias del ADN mitocondrial utilizando herramientas como BLAST y ARWEN para determinar los genes y ARNt que lo componen. Utilizando software como Geneious, ARWEN, RNAcomposer 3D y MEGA 5.2 se determinó las mutaciones puntuales en ARNt, su conformación secundaria y terciaria, y la filogenia de este grupo de reptiles. Se presenta el genoma mitocondrial completo de la tortuga carey E. imbricata el cual posee una longitud de 16.386 pb, éste contiene 2 ARNr, 22 ARNt, 13 genes codificantes de proteínas y una región control mayor no codificable (D-Loop), esta organización es similar a la presentada en mitogenomas de vertebrados en general. Se identificaron diferencias en longitudes de los diferentes genes que lo componen a demás de reportar nuevos solapamientos tipo tRNA-tRNA y tRNA-gen.