En esta investigación se presentan los resultados obtenidos del monitoreo del sistema de lagunas de estabilización, utilizadas para el tratamiento de las aguas residuales domésticas del municipio de Santa Fé de Antioquia, ubicado en el occidente del departamento antioqueño, en Colombia. El sistema cuenta con un tren de tratamiento que incluye, una laguna anaerobia que funciona en serie con dos facultativas, que operan en paralelo. Se realizaron cinco muestreos. Se definieron 14 estaciones de muestreo, comprendiendo el afluente y el efluente de cada laguna, el centro de cada laguna, tres profundidades distintas y el efluente total del sistema. Se determinaron las variables: temperatura del ambiente y del agua, oxígeno disuelto, potencial redox, pH, DQO, DBO5, sólidos totales, sólidos disueltos, sólidos suspendidos, sólidos sedimentables, sólidos suspendidos volátiles, clorofila “a” y caudal. Con el análisis temporal-espacial de las variables, se relacionaron las condiciones de mejores rendimientos en este sistema de tratamiento.