La aplicación del Analytical Quality by Design (AQbD) facilita el desarrollo de métodos analíticos eficaces, robustos y económicos; permite la libertad de cambiar las variables experimentales dentro del espacio de diseño, permitiendo la definición de la región de diseño operable del método (MODR). La cromatografía en capa fina de alta resolución (HPTLC) es una técnica de amplio uso para extracción, análisis y purificación metabolitos secundarios, las ventajas de la cromatografía incluyen: la rapidez de análisis, el control de variables experimentales y la generación de cromatogramas para uso como referencia o huella digital; por lo que que puede utilizarse en metodologías cualitativas, semicuantitativas y cuantitativas. La combinación del Analytical Quality by Design con el análisis cromatográfico HPTLC, permite desarrollar un método de cuantificación reproducible para los alcaloides vincristina y vinblastina presentes en Catharantus roseus. La investigación se realizó con germoplasma proveniente de la Región Amazónica del Ecuador, América del Sur; sin embargo el análisis conceptual y el esquema de experimentación son de aplicación universal.