La evaluación de la calidad del agua en ríos urbanos se presenta como una actividad de bastante importancia a nivel mundial. En Ecuador, son escasas las investigaciones realizadas hasta la actualidad, esto genera el problema de que las entidades estatales, provinciales y municipales no cuenten con valores actualizados de la calidad del agua en ríos presentes en zonas urbanas. Es así el caso de la ciudad de Chone, en la provincia de Manabí. A partir de esta problemática, el objetivo de la presente investigación fue de realizar un diagnóstico físico, químico y biológico de la calidad del agua en la subcuenca del río Chone. La calidad del agua fue evaluada en 4 puntos de muestreo durante la época seca (diciembre) y la época lluviosa (marzo), utilizando el Índice de Calidad de Agua (ICA), con su modificación de 9 parámetros (coliformes fecales, pH, demanda bioquímica de oxígeno, nitratos, fosfatos, temperatura, turbidez, sólidos disueltos totales y oxígeno disuelto) propuesto por la National Sanitation Foundation (NSF).