Se evaluó la calidad del agua del Arroyo Mista que recibe efluentes polutos. Se realizó el análisis cualitativo y cuantitativo del fitoplancton y epiliton y de parámetros fisicoquímicos, durante prezafra, zafra y postzafra. Se describió por primera vez la ficoflora diatomológica, de cianobacterias y de euglenoides del arroyo Mista. Las variables fisicoquímicas fluctuaron de un período a otro. En zafra se presentaron los menores registros de oxígeno disuelto (anoxia) y elevados valores de demanda bioquímica de oxígeno, los mayores valores de oxígeno disuelto se registraron en pre y postzafra. Se determinaron 45 géneros algales: Heterokontophyta (28), Chlorophyta (9), Cyanophyta (5), Euglenophyta (2) y Rhodophyta (1). En ambas comunidades predominaron las Heterokontophyta, seguidas de Chlorophyta, Cyanophyta, Euglenophyta y en último lugar Rhodophyta. Los taxones más frecuentes y más abundantes para el fitoplancton y epiliton fueron: Pleurosira sp., Nitzschia sp. 1, Nitzschia sp. 2, Cocconeis sp., Entomoneis alata y Surirella sp. 1. En general la dinámica espacial y temporal de la ficoflora algal del Arroyo Mista estuvo influenciada por la actividad azucarera.