Se ha demostrado que la modelación hidrodinámica y de calidad de agua es una herramienta muy útil para observar el comportamiento de diferentes cuerpos de agua bajo condiciones internas y externas actuantes. El objetivo principal de esta investigación fue modelar el comportamiento hidrodinámico y de calidad de agua en el embalse del Muña. Se utilizaron los programas de computador COHERENS, MOHID y LAKE2K. Estos modelos se implementaron en el embalse bajo diferentes escenarios por un periodo de simulación de 30 días permitiendo representar los principales fenómenos de transporte y transferencia bioquímica de las aguas residuales de la ciudad de Bogotá. El análisis de los resultados para los dos primeros modelos muestra claramente la influencia del viento en la hidrodinámica general del embalse. Por otra parte se encontró que el Muña está en capacidad de asimilar una fracción alta de carga contaminante. Lo anterior independientemente del escenario seleccionado como tratamiento para las aguas residuales de la ciudad de Bogotá. Por último, la modelación con L2K evidenció el consumo de oxígeno debido a los sedimentos y la estratificación que se presenta en el embalse del Muña.