Las cepas de Trichoderma en una colección aislada en las inmediaciones del volcán “Nevado de Toluca”, México, fueron identificadas hasta el nivel de especie usando sus características morfológicas como la forma y color de sus colonias y estructuras reproductivas durante su crecimiento sobre medios de cultivo, auxiliándose de un árbol de decisión con las claves de identificación taxonómica y mediante un análisis filogenético comparativo de las secuencias de las regiones génicas ITS y TEF de cada aislado y de cepas de colección usadas como referencia. Este análisis permitió la identificación todos los aislados en la colección y el hallazgo de 2 cepas que presuntamente pertenecen a una nueva especie.