En el Hipotiroidismo Congénito (HC) la mineralización ósea puede afectarse por la enfermedad o efectos del tratamiento con hormonas tiroideas. Se realizó estudio descriptivo transversal, pareado (1:1), en niños con HC (casos: n=67) y un grupo control (controles: n=67). Se analizó la mineralización ósea por densitometría. Se aplicaron análisis de varianza (ANOVA) y correlación de Pearson y se estableció un nivel de significación para  = 0.05. Los pacientes con HC no presentaron diferencias en la DMO y el CMO en relación a los sujetos de igual edad y sexo, aparentemente sanos. De los indicadores de mineralización ósea el Z-score fue el único que se observó más disminuido en los pacientes con HC. La DMO y el CMO, se incrementa con la edad, mayor tiempo de tratamiento y el grado de desarrollo puberal, pero no está influenciada por el sexo o la etiología del HC. La DMO y CMO son menores en los pacientes con HC permanente. En pacientes con HC permanente la DMO y CMO fueron mayores en la medida en que había sido mayor el valor de la TSH al momento del diagnóstico inicial.