La preocupación acerca del desarrollo de habilidades de pensamiento crítico de los estudiantes ha aumentado entre los investigadores y los educadores; en el proceso de enseñanza, aprendizaje y en el trabajo cotidiano de aula es evidente que los estudiantes no demuestran o no desarrollan totalmente sus habilidades cognitivas y por esto sus procesos de aprendizaje y de solución a situaciones problema se han visto afectados. Una manera de solucionar en parte dicho problema, es el diseño e implementación de un programa de intervención cognitiva que desarrolle en los estudiantes pensamiento crítico dentro del currículo de ciencias, en particular de la química orgánica que es lo que se ilustrará en este texto. Por esta razón este trabajo se presenta como guía para diseñar y aplicar programas de intervención cognitiva en el contexto de la enseñanza de la química, la Biología y la Física; que promuevan el desarrollo del pensamiento crítico en estudiantes de educación secundaria, además de apoyar los procesos de educabilidad, que se adelantan en las instituciones educativas.