En la llanura pampeana de la región central de Argentina, se encuentra una serie de ríos y arroyos endorreicos en depresiones tectónicas del pedemonte serrano. Estos recursos hídricos son importantes por la reposición de agua a los acuíferos, potencial uso como fuentes de agua potable,riego y recreación, así como para la vida silvestre, acumulan la mayor biodiversidad de la región. Como consecuencia del endorreísmo, es decir la ausencia de una conexión hidrológica, superficial o subterránea, el agua superficial tiende a acumularse en depresiones cerradas, formando lagunas y bañados interconectados que integran un sistema de humedales con capacidad de acumular agua. El presente trabajo incluye el estudio del fitoplancton de la Cuenca endorreica Chucul, su dinámica temporo-espacial, el análisis de datos y la categorización de la salud biológica de la cuenca. Los Índices aplicados confirman la existencia de diferencias no sólo entre áreas de estudio sino también entre estaciones del año en una misma área. El índice de saprobios ubica a esta Cuenca dentro del rango de α-mesosaprobio, indicador de aguas con contaminación fuerte, así como lo confirman los resultados microbiológicos.