El objetivo de la investigación fue comparar tres protocolos: Extracción con SDS; Extracción con CTAB y 2β-mercaptoetanol y Extracción con SDS y proteinasa K, para determinar el método más apropiado de obtención de ADN, de alto peso molecular y pureza en tejido epitelial de babosa: Arion subfuscus y Deroceras reticulatum. La concentración y pureza del ADN se estimó espectrofotométricamente (absorbancia a 260 nm y la relación Abs260/Abs280 nm). Se utilizó un diseño completamente al azar con seis repeticiones. Se detectaron diferencias significativas (p<0,01) para la cantidad, concentración y pureza entre los protocolos. El protocolo (SDS y proteinasa K) permitió obtener ADN con mayor peso molecular (2 514,90±291,56) y pureza (1,97±0,02). Se verificó la calidad del ADN de cada protocolo mediante PCR-RAPD, observándose poca reproducibilidad para el cebador OPA-02 (protocolo SDS); mientras que en los otros métodos se observó perfiles de amplificación de alta resolución y bandas reproducibles. Se recomienda utilizar el protocolo SDS y proteinasa K, para obtener ADN genómico de alto peso molecular, calidad y pureza en babosas.