La disfunción vaginal, es la patología de mayor prevalencia en la mujer en edad fértil y en menopausia. El diagnóstico de vaginosis bacteriana, candidiasis, trichomoniasis, vaginitis microbianas inespecíficas, vaginitis atróficas y las aún incógnitas, requieren un estudio orientador en la atención primaria de la salud. Analizamos en el texto el progreso de los últimos 15 años. Metagenómica, metabolómica y proteómica, han confirmado y aproximado etiologías, han propuesto biomarcadores e indirectamente han consolidado la validez del estudio morfológico integral del contenido vaginal. Balance del Contenido Vaginal (BACOVA), utilizando el concepto de Estados Vaginales Básicos, resuelve el diagnóstico de normalidad, vaginosis bacteriana, disbiosis intermedias y estados inflamatorios. Contribuye a la detección de levaduras, trichomonas, células epiteliales y morfotipos bacterianos extraños al contenido vaginal. Con una sola detección diagnóstica resuelve las más frecuentes y orienta sobre el resto de las patologías de disfunción vaginal. BACOVA debería realizarse en todo laboratorio habilitado, con un costo beneficio que asegura dar cobertura total en todos los sistemas de salud vigentes