El trabajo tiene por objetivo determinar la influencia del desarrollo del Pensamiento Critico (PC) y de Competencias Científicas, a través del diseño de preguntas en los instrumentos de evaluación de una profesora en formación inicial, que se desempeña en la Educación Secundaria Obligatoria. Esta investigación corresponde a un estudio de caso descriptivo e interpretativo, que se dividió en tres fases. La primera fase, se aplicó un cuestionario diseñado según los conocimientos de PC y una entrevista, cuya finalidad es pesquisar las representaciones de PC de la profesora en formación. La segunda fase, corresponde a una reducción de la información revelada por el cuestionario. La tercera fase, se analiza el contenido del cuestionario y las preguntas de los instrumentos de evaluación, para caracterizar los tipos de preguntas desde las propuestas de PC (Elder y Paul. 2002) y a su vez, si estas promueven Competencias Científicas (OCDE, 2012). Los resultados de la investigación, determinó que el desarrollo del Pensamiento Critico es fundamental en la base de la enseñanza y evaluación de todo profesor que promueva el desarrollo de habilidades de pensamiento científico.