Partiendo de la experiencia lograda en el estudio de caso sobre la Universidad Central del Ecuador, UCE, se plantea un grupo de políticas para lograr el mejoramiento del sistema de investigación de universidades públicas en crisis que enfrentan procesos macroeconómicos de transición. Se refleja el impacto de factores de contexto como: empleo inadecuado, pluralismo cultural, efecto combinado de desigualdad económica, bifurcación e Innovación Social. Se cubre la transición desde el pensamiento lineal hacia el holístico, condición que obligó a organizar la búsqueda como una revisión de “momentos” sucesivos, el último de los cuales se centra en la migración epistémica que facilita la integración y restitución de la investigación-docencia en diversos niveles. Entre los resultados, surge una nueva pauta epistemológica para contextuar el trasfondo de las políticas públicas en función del redimensionamiento del Modelo Educativo, la introducción de técnicas organizativas apropiadas, la disminución de burocracia, el reequilibrio del manejo económico-financiero, la optimizaciòn del análisis instrumental para recuperar el Sistema de Educación Superior.