La Iglesia católica durante la segunda mitad del siglo XIX en el periodo del federalismo, busco implementar su lógica de civilización llevada a cabo a través del bajo clero. Es así, que, en el Estado de Michoacán México y en El Estado de Boyacá Colombia, bajo los Estados Unidos de Colombia, la Institución eclesiástica ocupó un importante lugar en estas sociedades especialmente en la cultura rural, del denominado “indio” - ranchero mexicano” y del “indio labrador andino”, generando entre la población fuertes procesos de subordinación y de lealtad a la Institución. Dada la importancia que tuvo la Iglesia católica durante este periodo se presenta un análisis comparativo del papel civilizador del bajo clero en el Estado de Michoacán México y en Estado de Boyacá Colombia, mostrando como esta institución religiosa realizó un proyecto de civilización en clave racializada. Donde las banderas del proyecto civilizador fueron llevadas a cabo por un bajo clero que era también racializado. De igual manera, se analiza el rol civilizador de las mujeres que lo asumieron y lo cumplieron según la Iglesia en estas dos regiones.