Se analizó la estructura de la comunidad fitoplanctónica del embalse Yacyretá, estableciendo diferencias y similitudes en su distribución longitudinal y entre los tres ciclos anuales posteriores al llenado (1994-1998). La presa está localizada entre Argentina y Paraguay, (27° 28’ S y 56° 44’ O) sobre el río Paraná en el inicio de su tramo potámico; es una represa de llanura, con amplio espejo de agua (1140 km2) y bajo tiempo de residencia. Se identificaron 357 especies y la densidad total varió entre 118 y 15708 ind. ml-1. Se observaron cambios significativos en la dominancia de especies, con un incremento de las Cryptophyceae en el lago y un notable aumento de la densidad y riqueza de especies. Los resultados de este estudio sugieren que los cambios en la composición y abundancia del fitoplancton estuvieron asociados a las modificaciones producidas por el represamiento, especialmente disminución del flujo y turbulencia del agua. Un análisis de componentes principales reveló la importancia de las variaciones en el ciclo hidrológico y variables asociadas sobre la densidad, riqueza y composición del fitoplancton.