La cromatografía-masas es utilizada en la caracterización de muchos compuestos. Los ramnolípidos (RLs) y polihidroxialcanoatos (PHAs) son tensoactivos y poliésteres de 3-hidroxi ácidos respectivamente sintetizados por Pseudomonas aeruginosa sobre diferentes sustratos. La complejidad del análisis es por la variedad estructural de ramnolípidos y PHAs en la cadena del 3-hidroxi ácido, intermediario común en la síntesis. La caracterización de ramnolípidos emplea diferentes técnicas cualitativas y cuantitativas y de determinación estructural. Los PHAs son analizados por tinción celular, IR y gases-masas. Se presenta la combinación cromatografía–masas para determinar la composición estructural de ramnolípidos y polihidroxialcanoatos de P. aeruginosa AT10, cultivada sobre residuo de soja. En la caracterización de los ramnolípidos se emplea HPLC- masas–electronebulización negativa y para analizar los PHAs se utiliza gases-masas con ionización por impacto electrónico y química. Se revisan los principales métodos de análisis de RLs y PHAs. Se detectan 8 ramnolípidos y 6 ácidos 3-polihidroxialcanoicos. Son mayoritarias las estructuras RhaRhaC10C10 y RhaC10C10 y PHA 3-hidroxidecanoato.