Los hongos micotoxigénicos contaminan frecuentemente alimentos de origen vegetal. Las micotoxinas son productos del metabolismo secundario de algunas especies de hongos que causan alteraciones perjudiciales para la salud. La ocratoxina A, presenta propiedades nefrotóxica, inmunosupresora, teratogénica y cancerígena, y ha sido asociada con la contaminación por hongos del género Penicillium y Aspergillus. La taxonomía de Aspergillus constituye una de las más complejas y confusas y datos moleculares pueden contribuir en la identificación de especies. Los objetivos de este trabajo fueron detectar y caracterizar morfológicamente especies fúngicas potencialmente ocratoxicogénicas aisladas de yerba mate, (Ilex paraguariensis) y confirmar las especies fúngicas pertenecientes a la sección “nigri”, mediante la utilización de PCR. Se estudiaron tres formas comerciales de yerba mate (YM): 36 muestras de YM tradicional, 20 muestras de YM canchada, y 41 muestras de YM compuesta. Se cuantificó la contaminación fúngica total y se caracterizaron los géneros contaminantes. Se detectó la capacidad de producción de OTA “in vitro” de las especies fúngicas pertenecientes al género Aspergillus.