Mundialmente se estima que entre 15 a 20 millones de personas están infectadas con el virus linfotrópico humano de células T (HTLV), el cual se asocia a leucemia/linfoma de células T adultas (LLTA). En este estudio se analizaron 88 pacientes con trastornos oncohematológicos atendidos en el Hospital Regional Valdivia durante 1994 y 2009, mediante ELISA anti-HTLV-1/2; PCR convencional de los genes env, gag y pol y NestedPCR de tax y 5´ltr. La seroprevalencia obtenida fue de 3,41% y la prevalencia fue de 18,18% mediante NestedPCR tax. El HTLV-1 se encontró en el 17,04% y el HTLV-2 en el 1,14% de los pacientes analizados. De los 16 pacientes positivos a HTLV-1/2, el 100% presentó el gen tax, el 18,75% el gen env, el 75% el gen gag, el 56,25% el gen pol y el 18,75% el gen 5´ltr. Sólo los 3 pacientes seropositivos presentaron todos los genes de HTLV-1/2. HTLV se encontró en el 17,4% de los linfomas no hodgkin, en el 28,6% de los linfomas de hodgkin, en el 80% de las leucemias linfáticas crónicas, en el 11,4% de las leucemias linfáticas agudas y en el 22,2% de las leucemias mieloides agudas. El análisis filogenético clasificó los aislados de HTLV-1 en el subgrupo Transcontinental.