Durante años las cuencas hidrográficas han sido explotadas sin criterio alguno de gestión ambiental. A partir del uso de una metodología de diagnóstico basada en indicadores para medir los cambios cualitativos ocurridos en los componentes del ambiente en la cuenca del río Ayampe, como unidad de análisis de la investigación, se logra identificar y evaluar los principales factores ambientales que han estado incidiendo, así como los impactos más importantes a ellos asociados. Tales impactos se vinculan especialmente a los recursos: biodiversidad, agua, suelos, así como al componente antrópico (especialmente en las comunas dispersas en el interior de la cuenca). Se presenta además una propuesta de medidas para la corrección y mitigación de impactos en la cuenca, diseñada por áreas de actuación de la gestión ambiental para su más fácil implementación en un futuro Plan de Manejo Integrado.