Los aceites ozonizados han sido utilizados por sus propiedades antimicrobianas. En este trabajo se estudiaron las propiedades químicas y microbiológicas del aceite de teobroma ozonizado para ser usado en la preparación de supositorios vaginales. Durante el proceso de ozonización del aceite de teobroma existe un aumento de peróxidos e hidroperóxidos y muy poco incremento del índice de acidez hasta la dosis de ozono de 33,08 mg/g, valor a partir del cual se incrementa la acidez por procesos de descomposición y oxidación. Disminuye el índice de yodo y el contenido de ácidos grasos insaturados detectados por Cromatografía Gaseosa por el consumo de los dobles enlaces. Se observó un aumento del contenido porcentual de oxígeno con el aumento de la dosis de ozono aplicada debido a la formación de especies oxigenadas determinadas por Análisis Elemental y un aumento del efecto antimicrobiano frente a Candida Albicans. Se identificaron las señales correspondientes a los ozónidos, aldehídos e hidroperóxidos formados con el uso de la Resonancia Magnética Nuclear Protónica. Los supositorios vaginales elaborados fueron adecuados por su efecto antimicrobiano y sus propiedades químico físicas.